Kvoterna fastställs inom EU eller i förhandlingar med andra länder, t.ex. Norge, Storbritannien och Island. Besluten baseras på årlig vetenskaplig rådgivning från det Internationella havsforskningsrådet ICES för varje fiskbestånd.
Varje land har sedan en fast andel av respektive fiskekvot. De svenska kvoterna fördelas ut till fartygen på olika sätt beroende på vilken art och vilket område de berör.