Liksom flera andra livsmedel kan pelagisk fisk innehålla miljögifter såsom dioxiner eller PFAS. Generellt sett är halterna högre i Östersjön än i Kattegatt, Skagerrak och Nordsjön. Problem med dioxiner och PFAS är dessutom större i Bottenhavet/Bottenviken än i södra Östersjön.
Naturvårdsverket för officiell statistik över dioxinhalten för sill/strömming i Östersjön. Statistiken visar glädjande nog på sjunkande nivåer av dioxin över tid. Sill/strömming från många områden i Östersjön har under senare år konstaterats ligga under EU:s gränsvärden och därmed ha så låga halter av dioxin att de får exporteras och säljas för konsumtion. Fortsatt rekommenderar Livsmedelsverket att barn och kvinnor i barnafödande åldrar begränsar sin konsumtion av fet fisk från Östersjön på grund av fiskens dioxinnehåll.
